11月(yuè)17日，真邁生物(wù)聯合北(běi)京果殼生物(wù)科技有限公司開展的(de)轉錄組測序平台檢測性能對(duì)比研究成果在線發表于《BMC Genomics》。該研究利用(yòng)多(duō)款商業化(huà)RNA文庫制備試劑盒基于3個(gè)模式物(wù)種（人(rén)、小鼠、大(dà)豆）構建了(le)16個(gè)RNA文庫，每個(gè)文庫分(fēn)别使用(yòng)GenoLab M和(hé)NovaSeq 6000測序平台進行檢測，研究結果表明(míng)GenoLab M對(duì)多(duō)款商業化(huà)RNA文庫制備試劑盒具有良好的(de)兼容性，在測序數據基因組比對(duì)率、基因檢出數量、基因表達定量、可(kě)變剪切檢測等指标上與NovaSeq 6000擁有較高(gāo)的(de)一緻性。

以下(xià)爲文章(zhāng)解讀：

01研究策略

樣本：人(rén)肝髒星狀細胞、小鼠睾丸組織、大(dà)豆毛狀根。

構建mRNA文庫：采用(yòng)4種商業化(huà)RNA文庫制備試劑盒構建10個(gè)mRNA文庫。

構建LncRNA文庫：采用(yòng)3種去rRNA試劑盒、3種商業化(huà)RNA文庫制備試劑盒構建6個(gè)lncRNA文庫。

樣本檢測：每個(gè)文庫分(fēn)别使用(yòng)GenoLab M（PE100）和(hé)NovaSeq 6000（PE150）進行檢測，數據量要求>5Gb clean data/樣本。

分(fēn)析内容：評估兩平台測序數據的(de)測序質量、轉錄本覆蓋、基因表達、可(kě)變剪切事件等表現。

表1 樣本和(hé)建庫試劑盒信息彙總

02基礎數據分(fēn)析

GenoLab M測序數據基因組比對(duì)率平均爲91.80%，與NovaSeq 6000持平。在基因組唯一比對(duì)率（Unique mapped rate）上，該指标受本次兩平台檢測讀長(cháng)差異的(de)影(yǐng)響，NovaSeq 6000略高(gāo)于GenoLab M（圖2）。兩個(gè)測序平台在基因覆蓋随機性（圖3）、基因表達密度分(fēn)布上有較高(gāo)的(de)一緻性（圖4）。

圖2 測序數據唯一比對(duì)率統計

圖3 基因覆蓋随機性表現

圖4 基因表達密度分(fēn)布

03基因檢出、基因定量

對(duì)GenoLab M和(hé)NovaSeq 6000測序數據的(de)基因檢出和(hé)定量結果進行分(fēn)析，兩平台的(de)mRNA測序數據擁有較高(gāo)的(de)共有基因比例和(hé)基因表達定量相關性（圖5A、圖6ABC）。但由于LncRNA分(fēn)析軟件StringTie對(duì)新LncRNA預測有讀長(cháng)偏好性，受本次檢測兩平台讀長(cháng)差異的(de)影(yǐng)響，LncRNA測序數據的(de)共有基因比例和(hé)基因定量相關性較低。

圖5 小鼠基因檢測結果比較

圖6 兩個(gè)平台基因定量結果相關性分(fēn)析

04可(kě)變剪切檢測

對(duì)GenoLab M和(hé)NovaSeq 6000測序數據的(de)可(kě)變剪切事件進行分(fēn)析，兩平台在可(kě)變剪切數量和(hé)種類上均無顯著性差異（圖7）。

圖7 兩個(gè)平台可(kě)變剪切結果比較

轉錄組測序技術可(kě)以揭示機體不同生命階段、不同組織類型、不同生理(lǐ)狀态下(xià)的(de)基因表達情況。如今，該技術已經廣泛的(de)應用(yòng)在了(le)疾病研究、藥物(wù)開發、分(fēn)子育種等領域。本次研究表明(míng)GenoLab M對(duì)多(duō)款商業化(huà)RNA文庫制備試劑盒具有良好的(de)兼容性，能高(gāo)效準确的(de)開展轉錄組測序研究。

關于GenoLab M

文章(zhāng)：

Y Liu, R Han, L Zhou, M Luo, L Zeng, X Zhao, Y Ma, Z Zhou, L Sun. Comparative performance of the GenoLab M and NovaSeq 6000 sequencing platforms for transcriptome and LncRNA analysis. BMC Genomics, 22: 829 (2021)