您當前位置:首頁資訊公司新聞
SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!
時(shí)間：
2024-03-14
浏覽次數：

⾃2023年9月(yuè)上市以來(lái)，SURFSeq 5000高(gāo)通(tōng)量基因測序儀憑借“應用(yòng)場(chǎng)景多(duō)、測序速度快(kuài)、數據質量好、運行成本省”的(de)産品優勢和(hé)穩定的(de)性能表現快(kuài)速獲得(de)了(le)臨床診斷、分(fēn)子育種、基礎科研等多(duō)領域用(yòng)戶的(de)高(gāo)度認可(kě)。


在“多(duō)、快(kuài)、好、省”中，“數據質量好”是重中之重，SURFSeq  5000 V1.0全系測序試劑盒（FCM、FCH）現均已支持Balanced+Enhanced雙模式Q40(≥85%/≥90%)高(gāo)質量數據輸出。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!


Enhanced模式下(xià)，與市面其他(tā)Q40測序産品相比，SURFSeq 5000整體測序錯誤率減少60%以 上，低至0.05%級别，強力開啓測序錯誤率的(de)"萬五時(shí)代"。



01

雙模式Q40高(gāo)質量數據輸出

SURFSeq 5000爲用(yòng)戶提供Balanced Mode(BM,均衡模式)和(hé)Enhanced Mode(EM,增強模式)兩大(dà)Q40測序模式。

• 在Balanced Mode下(xià)，SURFSeq 5000可(kě)實現≥90% bases≥Q30，≥85% bases≥Q40。

• 在Enhanced Mode下(xià)，SURFSeq 5000可(kě)實現≥95% bases≥Q30，≥90% bases≥Q40。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

*Q30/Q40%基于真邁⽣物(wù)企業标準品文庫多(duō)輪測試結果的(de)中位數值設定，該數值受到樣本狀态、⽂庫質量和(hé)定量準确性等因素的(de)影(yǐng)響而發生變化(huà)。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

• Balanced Mode是平衡數據質量和(hé)芯片利用(yòng)率的(de)最優解。在該模式下(xià)，我們統計了(le)近3個(gè)⽉，SURFSeq 5000FCH芯片7大(dà)類應用(yòng)方向共116輪的(de)測試數據。其中100輪Balanced Mode PE150測序數據的(de)Q30、Q40均值達分(fēn)别達到了(le)95.1%和(hé)91.3%，Output reads均值達到了(le)2500M reads(官标2000M reads)。


• 全新的(de)Enhanced Mode在Balanced Mode的(de)基礎上，加入了(le)基于機器學習(xí)構建的(de)序列特征模型等多(duō)維信息，全新的(de)“3D Basecall”可(kě)更全面的(de)識别測序過程中的(de)“問題序列區(qū)域”，并更準确地進行堿基識别和(hé)Q值打分(fēn)。統計16輪Enhanced Mode下(xià)WGS PE150測序數據，Q30、Q40均值達分(fēn)别達到了(le)97.1%和(hé)95.2%，Output reads均值達到了(le)2350M reads。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

*在數據産量Output reads方面，Enhanced Mode相比Balanced Mode會有5%±2%水(shuǐ)平的(de)降低(該差異水(shuǐ)平依據爲“對(duì)相同原始圖像分(fēn)别使用(yòng)兩種模式下(xià)basecall算(suàn)法獲得(de)的(de)數據差值”)，降低比例受到樣本狀态、文庫構建方式及質量和(hé)文庫定量精準度等因素影(yǐng)響。



02

SURFSeq 5000 開啓"萬五時(shí)代"

SURFSeq 5000爲雙芯片平台，并⽀持異步滾動上機和(hé)分(fēn)lane樣本加載功能。如下(xià)表所示，我們采用(yòng)了(le)雙FCH芯片在同⼀台機器上同時(shí)開展Enhanced Mode和(hé)Balanced Mode測試。其中Lane1、Lane2加載E.coli全基因組文庫樣本(PCR-plus)，Lane3、Lane4加載GIAB HG001人(rén)全基因組⽂庫樣本(PCR-plus)。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

*GIAB HG001測序錯誤率使⽤BWA MEM對(duì)比至GRCh37參考基因組(NIST V4.2.1)計算(suàn)獲得(de)，因受參考基因組質量及對(duì)比軟件性能影(yǐng)響，HG001測序錯誤率數值中包含了(le)較高(gāo)比例的(de)序列比對(duì)錯誤(非測序錯誤)。



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

如上圖所示，Enhanced Mode下(xià),PE150測序數據整體錯誤率相比Balanced Mode下(xià)降了(le)50～60%，低至0.05%級别。Q30 /Q40 均值高(gāo)達97.6%/96.0%。




03

Q值打分(fēn)體系精準性評估

使用(yòng)Q/Q圖對(duì)SURFSeq 5000 Q值打分(fēn)體系精準性進行評估，Balanced Mode和(hé)Enhanced Mode雙模式下(xià)Predicted Q Score(x)和(hé)Observed Q Score(y)均展現出優秀的(de)⼀緻性。




SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!



SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

上圖展示了(le)目前部分(fēn)主流測序平台測序整體錯誤率表現情況，其中SURFSeq 5000 Balanced Mode與NovaSeq X(Q40升級後) 表現相當。在Enhanced Mode下(xià)，SURFSeq 5000整體測序錯誤率下(xià)降60%以上，低至0.05%級别，強力開啓測序錯誤率的(de)“萬五時(shí)代”。


SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

*基于E.coli進行計算(suàn) 

▲基于NovaSeq X Software V1.2 Q40升級版本測試


SURFSeq 5000 Balanced Mode(≥85%Q40)和(hé)Enhanced Mode(≥90% Q40)爲用(yòng)戶提供了(le)更多(duō)選擇。“萬五時(shí)代”将快(kuài)速推動以“超低頻(pín)突變精準檢出”爲代表的(de)應用(yòng)進入發展快(kuài)車道，真邁生物(wù)期待與各領域合作夥伴在“萬五時(shí)代”⼀同探索基因測序技術的(de)無限可(kě)能。




04

雙模式Demo數據下(xià)載

如需獲取SURFSeq 5000雙模Q40 Demo數據，可(kě)關注“真邁生物(wù)”官方公衆号，并在對(duì)話(huà)框回複關鍵詞“萬五時(shí)代”獲取下(xià)載鏈接。


關于測序數據錯誤率計算(suàn)的(de)補充說明(míng)







SURFSeq 5000 雙模Q40強力開啓測序錯誤率“萬五時(shí)代”!

如上表所示，Q40對(duì)應的(de)測序錯誤率在0.01%級别，但在應用(yòng)端投入分(fēn)析流程的(de)是包含了(le)Q40在内的(de)所有Q值堿基(例如Q0~40)的(de)測序數據，所以測序數據錯誤率是基于各Q值堿基錯誤率及依據堿基占比加權計算(suàn)得(de)出。計算(suàn)公式如下(xià):

Error rate=Q1error×Q1%+Q2error×Q2%+.......+Q40error×Q40%

上一篇：再添利器！真邁生物(wù)FASTASeq 300 600cyc試劑盒重磅上市下(xià)一篇：科技助聽(tīng)，真邁生物(wù)捐贈助力中國聽(tīng)力醫學發展基金會“益耳行動”
相關推薦
暫無數據