第六屆中國國際進口博覽會上，羅氏診斷攜手七家國内領先的(de)NGS領域合作夥伴簽約共建NGS精準醫療生态圈，充分(fēn)整合各方優勢和(hé)資源，共同探索和(hé)開發基于本土化(huà)需求的(de)“樣本進，結果出”（Sample In Result Out, SIRO）全流程自動化(huà)NGS檢測方案。羅氏診斷的(de)SIRO緻力于提供NGS樣本制備的(de)完整解決方案，搭配高(gāo)效穩定的(de)文庫構建和(hé)捕獲産品（包括HyperCap探針和(hé)HyperPETE引物(wù)延伸富集産品），基于羅氏診斷全自動建庫系統完成濕實驗流程，支持多(duō)個(gè)測序平台開展不同檢測應用(yòng)，助力新一代測序技術（NGS）在實驗室落地。此次，羅氏診斷推出了(le)基于真邁生物(wù)測序平台的(de)整體解決方案。
真邁生物(wù)目前已推出GenoCare 1600 系列單分(fēn)子基因測序儀和(hé)GenoLab M 系列、FASTASeq 300系列、SURFSeq 5000系列高(gāo)通(tōng)量基因測序儀，形成了(le)滿足從科研到臨床需求的(de)低中高(gāo)通(tōng)量測序産品陣列，實現對(duì)應用(yòng)場(chǎng)景的(de)全面覆蓋。測序儀是基因測序關鍵的(de)一環，直接讀出堿基序列信息，爲下(xià)遊的(de)分(fēn)析解讀提供原始信息。今天我們一起來(lái)看看，環繞SIRO方案的(de)精準醫療生态圈建設，真邁生物(wù)測序儀與羅氏相遇，将碰撞出什(shén)麽樣的(de)火花？
基于液相雜(zá)交的(de)SIRO方案
1.羅氏KAPA HyperExome V2外顯子SIRO方案
羅氏診斷全新升級的(de)外顯子KAPA HyperExome V2在43.2Mb的(de)緊湊捕獲區(qū)域内，提供對(duì)新版本的(de)ACMGv3.1、RefSeq、CCDS、ClinVar、Ensembl和(hé)COSMIC基因組數據庫的(de)優異覆蓋率，适用(yòng)于醫學相關應用(yòng)。憑借超過15年的(de)探針設計經驗，和(hé)通(tōng)過使用(yòng)T2T(端粒至端粒)基因組版本進行設計優化(huà)，HyperExome V2解決了(le)GRCh38基因組版本中潛在的(de)問題區(qū)域。HyperCap工作流程精簡了(le)建庫捕獲的(de)流程，同時(shí)高(gāo)度自動化(huà)友好，提供高(gāo)質量的(de)QC表現，即使在極端GC%比例的(de)區(qū)域，也(yě)能獲得(de)一緻的(de)覆蓋率。羅氏診斷首先評估了(le)HyperExome V2在真邁生物(wù)測序平台上的(de)表現。整體來(lái)看，真邁測序儀數據質量高(gāo)且穩定，捕獲相關的(de)評估指标達到主流水(shuǐ)平。其中GenoLab M測序儀的(de)數據冗餘度有較明(míng)顯的(de)降低，可(kě)以提高(gāo)數據利用(yòng)率；重複兩輪上機的(de)結果重現性佳。SURFSeq 5000測序儀作爲新機型，在均一性和(hé)測序偏好性表現中更勝一籌。
實驗設計：以200ng gDNA作爲投入，使用(yòng)KAPA HyperPlus Kit進行建庫，HyperExome V2探針進行捕獲，建庫和(hé)捕獲的(de)全流程均在羅氏自動化(huà)建庫儀Avenio Edge System上完成。雜(zá)交終文庫，分(fēn)别在GenoLab M 系列（重複兩輪上機）、SURFSeq 5000系列高(gāo)通(tōng)量基因測序儀和(hé)NovaSeq 6000上進行測序。分(fēn)析參照(zhào)羅氏白皮書(shū)——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for germline mutations”。
2.羅氏體細胞變異SIRO方案
KAPA HyperCap Oncology panel可(kě)用(yòng)于快(kuài)速評估體細胞變異檢測性能，靶向214Kb區(qū)域，覆蓋商業化(huà)标準品中最常見的(de)基因，涵蓋體細胞腫瘤學研究相關的(de)13個(gè)基因的(de)完整編碼序列（ATM、BRCA1、BRCA2、BRIP1、CHEK2、EGFR、ERBB2、KRAS、MET、MYCN、RAD51C、RAD51D、TP53）以及69個(gè)相關基因的(de)熱(rè)點突變。羅氏診斷評估了(le)KAPA HyperCap Oncology panel在真邁生物(wù)FASTASeq 300測序儀上的(de)表現。下(xià)機測序數據質量高(gāo)，Raw data Q30>95%；捕獲效率、均一性和(hé)數據冗餘度的(de)表現佳，fold 80 base penalty可(kě)以控制在1.4以内。将數據截取到0.3G時(shí)（FASTASeq 300單次上機可(kě)完成約24個(gè)樣本測試），去重後的(de)有效覆蓋深度達到400X，FFPE标準品中的(de)突變位點均能穩定檢出。
實驗設計：以50ng 标準品Horizon FFPE-HD300作爲投入，使用(yòng)KAPA EvoPlus Kit進行建庫， HyperCap Oncology panel進行雜(zá)交。雜(zá)交終文庫，在FASTASeq 300系列高(gāo)通(tōng)量基因測序儀和(hé)NovaSeq 6000上進行測序。分(fēn)析參照(zhào)羅氏白皮書(shū)——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for somatic mutations”。
基于引物(wù)延伸法的(de)快(kuài)速測序方案
1.腫瘤cfDNA樣本體細胞變異檢測——引物(wù)延伸法
KAPA HyperPETE采用(yòng)創新的(de)引物(wù)延伸靶向富集技術（Primer Extension Target Enrichment，PETE），3小時(shí)完成快(kuài)速高(gāo)質量富集，專爲較小目标區(qū)域（DNA<250Kb，RNA<50Kb）的(de)靶向富集而設計，可(kě)以檢測多(duō)種突變類型：SNV、Indel、fusion(包含未知融合)、CNV和(hé)MSI。KAPA HyperPETE Pan Cancer Panel包含86個(gè)癌症相關基因和(hé)190個(gè)MSI位點，支持FFPE和(hé)cfDNA的(de)體細胞變異檢測應用(yòng)。羅氏診斷選用(yòng)HyperPETE Pan Cancer Panel進行實驗，評估真邁生物(wù)FASTASeq 300測序儀在腫瘤低頻(pín)突變位點的(de)檢測性能。測試結果顯示下(xià)機測序數據質量高(gāo)，Raw data Q30>95%；捕獲效率、均一性表現佳，fold 80 base penalty小于1.4。原始下(xià)機數據約30G，0.1%的(de)突變位點均可(kě)檢出，當截取數據至16.5G時(shí)（FASTASeq 300單次上機可(kě)完成約5個(gè)樣本測試），1%的(de)突變可(kě)穩定檢出，數個(gè)0.1%位點因支持reads少而無法穩定檢出。測序儀的(de)台間差小，數據一緻，表現穩定。
實驗設計：以50ng cfDNA标準品Horizon-HD780作爲投入，使用(yòng)KAPA HyperPrep Kit進行建庫，HyperPETE Pancancer panel進行雜(zá)交。雜(zá)交終文庫，在NovaSeq 6000和(hé)兩台FASTASeq 300系列高(gāo)通(tōng)量基因測序儀上進行平行測序。分(fēn)析參照(zhào)羅氏白皮書(shū)——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for somatic mutations”。
2.融合基因檢測——引物(wù)延申法
作爲驅動癌症産生的(de)始因之一，融合基因/剪切變異的(de)檢出深受重視。KAPA HyperPETE Lung Cancer Fusion Panel針對(duì)17個(gè)肺癌融合基因（ALK、AXL、BRAF、EGFR、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、NRG1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PDGFRA、PDGFRB、PPARG、RET、ROS1）設計，對(duì)RNA文庫進行快(kuài)速富集。羅氏診斷使用(yòng)HyperPETE Lung Cancer Fusion Panel評估FASTASeq 300測序儀在融合檢出中的(de)表現。測試結果下(xià)機數據質量高(gāo)，Raw data Q30>94%；捕獲效率>93%，僅需0.6G raw data（FASTASeq 300單次上機可(kě)完成12個(gè)樣本測試），即可(kě)将panel設計中覆蓋了(le)任一partner的(de)變異檢出。而且兩輪平行測試展示了(le)FASTASeq300測序儀的(de)台間差小，表現穩定。
注：粗體字爲panel設計覆蓋的(de)基因，非粗體不覆蓋。*爲panel設計不覆蓋該融合位點相關基因。
實驗設計：以10ng 标準品Seraseq FFPE Fusion RNA作爲投入，使用(yòng)KAPA RNA HyperPrep Kit進行建庫，HyperPETE Lung cancer fusion panel進行雜(zá)交。雜(zá)交終文庫，在NovaSeq 6000和(hé)兩台FASTASeq 300系列高(gāo)通(tōng)量基因測序儀上進行測序。分(fēn)析參照(zhào)羅氏白皮書(shū)——“SPR -White Paper- KAPA TE data evaluation for somatic mutations”。
本次測評使用(yòng)羅氏診斷建庫試劑盒和(hé)靶向富集panel，完成了(le)包括gDNA、FFPE DNA、cfDNA以及FFPE RNA樣本的(de)測序，覆蓋了(le)遺傳病和(hé)腫瘤NGS檢測的(de)不同應用(yòng)場(chǎng)景。測評結果顯示，真邁生物(wù)測序平台的(de)性能表現已達到主流水(shuǐ)平，适用(yòng)的(de)文庫類型和(hé)應用(yòng)場(chǎng)景多(duō)樣。
在高(gāo)速發展的(de)精準醫療時(shí)代進程中，真邁生物(wù)将積極攜手羅氏診斷與其他(tā)合作夥伴，彙聚優秀科技力量，推動NGS技術創新發展，賦能精準醫療新未來(lái)。