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全面兼容丨真邁生物(wù)SURFSeq 5000在百邁客百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異
時(shí)間:
2024-05-14
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空間轉錄組技術,憑借成像、生物(wù)标記、測序及生物(wù)信息學等工具,精确定位組織切片中的(de)基因表達,已成爲研究細胞類型結構、分(fēn)化(huà)狀态、細胞間互作及疾病發育機制的(de)關鍵手段。該技術屢獲殊榮,如2023年入選未來(lái)十大(dà)影(yǐng)響世界技術,2022年榮登Nature七大(dà)矚目技術,2020年斬獲Nature Methods年度技術方法。展望未來(lái),空間轉錄組技術無疑将引領科研新潮流。


近日,百邁客生物(wù)使用(yòng)自主開發的(de)空間轉錄組學産品百創S1000,基于真邁生物(wù)SURFSeq 5000高(gāo)通(tōng)量基因測序平台進行兼容性測試。結果顯示在基因組唯一比對(duì)率,轉錄本比對(duì)率,中位基因數等各項指标上都表現出色,展現出SURFSeq 5000高(gāo)通(tōng)量基因測序平台與百創S1000空間轉率組芯片的(de)良好兼容性。


【測試方案】
  • 物(wù)種信息:小鼠(1例),昆蟲(2例)

  • 測序策略:真邁生物(wù)SURFSeq 5000,PE150

  • 分(fēn)析軟件:BSTMatrix


【測試結果】

(1)測序數據質量表現優異

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異



(2)空間重要參數表現出色

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異


測試數據顯著表明(míng),SURFSeq 5000測序平台和(hé)百創S1000在空間聚類上展現出良好的(de)性能表現。



(3)空間聚類展現出卓越解析度

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異

在針對(duì)中腦(nǎo)的(de)單細胞級空間聚類分(fēn)析中,即便在數據不飽和(hé)的(de)條件下(xià),使用(yòng)SURFSeq 5000測序平台進行測序仍然展現出卓越的(de)解析度,這(zhè)一結果再次驗證了(le)SURFSeq 5000測序平台和(hé)百創S1000兼容性方面的(de)出色性能。


全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁客百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異


【性能進一步釋放】

爲了(le)深入驗證百創S1000在更高(gāo)測序數據量上的(de)性能表現,研究人(rén)員(yuán)随機選取了(le)BMK_ST_9(鼠腦(nǎo))樣本在SURFSeq 5000測序平台上進行了(le)數據加測(Nnumber of  Rreads:5,094,460,583)。經過詳盡分(fēn)析發現,無論在任何分(fēn)辨率下(xià),這(zhè)些數據均展現出卓越的(de)空間解析能力,進一步确認了(le)SURFSeq 5000測序平台與百創S1000卓越的(de)兼容性和(hé)性能表現。


(1)百創空間多(duō)級分(fēn)辨率結果

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異

百創S1000基于SURFSeq 5000測序平台的(de)多(duō)級分(fēn)辨率統計表

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁客百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異


全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異

百創S1000基于SURFSeq 5000測序平台的(de)多(duō)級分(fēn)辨率部分(fēn)聚類圖



(2)“三片合一”實現細胞分(fēn)割

全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁克百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異

基于原片無錯高(gāo)清H&E+原片無錯熒光(guāng)+原片高(gāo)通(tōng)量測序,“三片合一”對(duì)樣本數據進行了(le)細胞分(fēn)割分(fēn)析,一共切出了(le)68,279個(gè)細胞,單細胞級分(fēn)辨率下(xià)中位基因數高(gāo)達2,625,中位UMI數達6,631,全局下(xià)聚類得(de)到28類cluster,數據表現處于領先水(shuǐ)平。


全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁客百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異


全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁客百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異


本次測試展示了(le)真邁生物(wù)SURFSeq 5000高(gāo)通(tōng)量基因測序平台與百邁客生物(wù)百創S1000空間轉錄組學産品組合應用(yòng)的(de)優秀性能。真邁生物(wù)期待與行業内合作夥伴共同打造基因測序平台應用(yòng)生态聯盟,充分(fēn)發揮和(hé)利用(yòng)各方優勢,爲廣大(dà)用(yòng)戶提供全流程、最全面的(de)解決方案。


真邁生物(wù)SURFSeq 5000

SURFSeq 5000高(gāo)通(tōng)量基因測序平台應用(yòng)廣泛,速度快(kuài),質量優,成本省。它以桌面儀器成本、小樣本數量開機成本實現了(le)與大(dà)型機器相媲美(měi)的(de)高(gāo)通(tōng)量測序價格。真邁生物(wù)緻力于持續滿足行業對(duì)測序優化(huà)的(de)需求,與合作夥伴深度合作,爲前沿科研探索和(hé)精準醫療提供強有力的(de)支持。


全面兼容丨真邁生物(wù) SURFSeq 5000 在百邁客百創空間轉錄組學芯片兼容性測試中表現優異



百創S系列空間轉錄組學産品

創S系列空間轉錄學芯片已正式發布三款:百創S1000(per spot2.5μm,分(fēn)辨率4.8μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),百創S2000(per spot2.5μm,分(fēn)辨率4.8μm,區(qū)域11mm*11mm、15mm*20mm)以及最新的(de)百創S3000(per spot2.5μm,分(fēn)辨率3.5μm,區(qū)域6.8mm*6.8mm),相較于現在廣受市場(chǎng)認可(kě)與好評的(de)百創S1000轉錄組學芯片,百創S3000捕獲位點數提升近2倍,分(fēn)辨率同樣提升近2倍,相同的(de)測序飽和(hé)度下(xià),單細胞級别分(fēn)辨率下(xià)中位UMI提升了(le)30%~70%,中位基因數提升30%-60%。并基于此,開發出了(le)百創自己的(de)專利技術,可(kě)以通(tōng)過完全無錯的(de)原片高(gāo)清明(míng)場(chǎng)圖像 + 與明(míng)場(chǎng)圖像完全對(duì)齊的(de)原片熒光(guāng)圖像 + 原片高(gāo)通(tōng)量測序,“三片合一”進行精準的(de)細胞分(fēn)割,爲科研工作者提供了(le)前所未有的(de)研究視角。


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