通(tōng)過快(kuài)速測序獲得(de)新發、突發傳染病病原體的(de)高(gāo)質量基因組序列對(duì)病原體緻病機制研究、疾病溯源、疾病控制至關重要。FASTASeq 300支持自定義多(duō)個(gè)數據輸出的(de)節點且最快(kuài)可(kě)在19.5小時(shí)内完成病原體基因組PE150測序，以更好地滿足用(yòng)戶對(duì)檢測時(shí)效性和(hé)研究信息全面性的(de)雙重需求。

爲了(le)評估FASTASeq 300在微生物(wù)de novo組裝應用(yòng)上的(de)表現，本次測評選擇了(le)臨床常見緻病菌——嗜肺性軍團菌¹作爲測試樣本構建文庫，文庫分(fēn)别在FASTASeq 300、GenoLab M和(hé)NV測序平台進行PE150測序，均取100×數據進行分(fēn)析。測評結果顯示，FASTASeq 300測序數據質量高(gāo)、序列組裝結果與參考基因組具有較高(gāo)一緻性，其進化(huà)分(fēn)析與參考基因組能準确聚類于同一分(fēn)支。

測序數據高(gāo)

FASTASeq 300測序數據Raw data Q20大(dà)于97%，Q30大(dà)于92%，Clean reads/Raw reads比值平均大(dà)于0.99，測序質量表現優異。

圖1. FASTASeq 300、NV和(hé)GenoLab M平台測序質量表現

組裝質量好

與參考基因組序列進行比對(duì)分(fēn)析，結果表明(míng)FASTASeq 300測序數據在組裝質量方面與對(duì)比平台表現一緻，Largest Contig接近基因組全長(cháng)的(de)1/3。

表1. 組裝結果評價指标

組裝完整性高(gāo)

BUSCO²和(hé)Circos³圖展示了(le)FASTASeq 300測序數據組裝結果的(de)高(gāo)完整性和(hé)準确性。

圖2.  BUSCO 組裝結果和(hé)Circos 基因組完整性分(fēn)析結果圖

進化(huà)分(fēn)析

基于FASTASeq 300測序數據組裝的(de)基因組序列及其22同種不同株的(de)基因組序列構建系統進化(huà)樹，結果顯示FASTASeq 300測序數據組裝的(de)基因組序列結果與參考基因組能準确地聚類到進化(huà)樹同一分(fēn)支。

FASTASeq 300在微生物(wù)基因組de novo組裝應用(yòng)方向上性能優異，其快(kuài)速、靈活、準确的(de)特性可(kě)很好地滿足病原體全基因組測序的(de)要求。未來(lái)FASTASeq 300将助力更多(duō)微生物(wù)組學領域的(de)科學研究和(hé)臨床應用(yòng)。

更多(duō)精彩測評，敬請期待！

1. 嗜肺性軍團菌（Legionella pneumophila）：全基因組大(dà)小約3.4 Mb，GC含量38.3%，是一種廣泛存在于自然界中的(de)機會緻病菌，能引起以發熱(rè)和(hé)呼吸道症狀爲主的(de)疾病。

2. BUSCO組裝評價：使用(yòng)相近物(wù)種之間的(de)一些保守序列構建單拷貝基因集數據庫，與組裝結果進行比對(duì)，從組裝結果比對(duì)上的(de)比例、完整性，來(lái)評價組裝結果的(de)準确性和(hé)完整性。

3. Circos組裝評價：采用(yòng)Circos軟件對(duì)測序結果進行分(fēn)析，通(tōng)過組裝圖譜的(de)形式直觀地表現出組裝數據對(duì)參考基因組覆蓋程度。